Ключевыми направлениями аналитической и исследовательской деятельности департамента являются:
приоритеты научной и технологической политики в контексте модернизации экономики
управление системой российской науки
организационные изменения в российской науке
новые механизмы взаимодействия науки и промышленности
выстраивание технологических индустриальных приоритетов с целью формирования конкурентного рынка
проблемы международного научно-технологического сотрудничества
международный опыт и подходы к обеспечению технологического суверенитета
региональные аспекты научной и технологической политики