Группа Дмитрия Иванкова

Биоинформатика и эволюция белков.

Мы изучаем эволюцию белка, его структуру, сворачивание и дизайн, используя широкомасштабный анализ данных, разработку алгоритмов, машинное обучение и молекулярное моделирование

Дмитрий

Иванков

Старший Преподаватель

Области исследований

Целями наших исследований являются предсказание фенотипа по генотипу, точная оценка влияния одиночных мутаций на стабильность белка и разработка более стабильных белков.

Предсказание изменения стабильности белка вследствие одиночных мутаций с помощью комбинации машинного обучения и физики белка

Предсказание кинетики сворачивания белка из его трёхмерной структуры

Теоретическое исследование эволюции белков, с акцентом на выявление многомерного эпистаза

Публикации

Курсы

Публикации

Pokusaeva, V. O., Usmanova, D. R., Putintseva, E. V., Espinar, L., Sarkisyan, K. S., Mishin, A. S., Bogatyreva, N. S., Ivankov, D. N., Akopyan, A. V., Avvakumov, S. Ya., Povolotskaya, I. S., Filion, G. J., Carey, L. B., & Kondrashov, F. A. (2019). An experimental assay of the interactions of amino acids from orthologous sequences shaping a complex fitness landscape. PLOS Genetics, 15(4), e1008079. https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1008079

Esteban, L. A., Lonishin, L. R., Bobrovskiy, D., Leleytner, G., Bogatyreva, N. S., Kondrashov, F. A., & Ivankov, D. N. (2019). HypercubeME: two hundred million combinatorially complete datasets from a single experiment. Bioinformatics. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz841

Zorin, E. M., Erazo, C. M., & Ivankov, D. N. (2022). Composite mutations give an extra insight into epistasis. https://doi.org/10.1101/2022.06.16.496391

Pak, M. A., Dovidchenko, N. V., Sharma, S. M., & Ivankov, D. N. (2023). New mega dataset combined with deep neural network makes a progress in predicting impact of mutation on protein stability. https://doi.org/10.1101/2022.12.31.522396