Методы захвата конформации хромосом, особенно Hi-C, дают полную картину пространственной организации хромосом на нескольких архитектурных уровнях. Высший уровень организации хроматина представлен хромосомными территориями — участками ядра, преимущественно занятыми отдельными хромосомами. В более мелком масштабе хроматин пространственно разделен на два компартмента: активный компартмент A и неактивный компартмент B. Дальнейшие эксперименты с более высоким разрешением показывают, что отдельные хромосомы разделены на топологически ассоциированные домены (TAD), которые представляют собой высококонсервативные единицы хромосомной организации, обеспечивающие регуляцию экспрессии генов. Наконец, версии метода Hi-C со сверхвысоким разрешением показывают, что самый низкий уровень архитектуры хроматина представлен петлями хроматина, расположенными в углах TAD или где-либо еще. Таким образом, метод Hi-C позволяет детально анализировать компартменты хроматина, TAD и петли во многих организмах и модельных системах, что приводит к более глубокому пониманию механизмов регуляции экспрессии генов, опосредованных эпигенетикой. Однако анализ Hi-C остается сложной задачей как экспериментально, так и вычислительно. Экспериментально протокол Hi-C включает в себя множество сложных шагов, подверженных вариациям и предвзятости. В вычислительном отношении анализ данных Hi-C требует многоэтапной нормализации, фильтрации и коррекций для достижения воспроизводимых результатов.