Программа Сколтеха «Математическая и теоретическая физика» ориентирована прежде всего на студентов с основательной подготовкой по математике и глубоким знанием математической физики. Она также предоставляет студентам возможность продолжить углубленное изучение фундаментальных моделей современной теоретической физики. Главная особенность программы — независимая научная работе каждого магистранта: за 2 года студент получает необходимый набор навыков и знаний для успешной научной и профессиональной карьеры.

Программа разрабатывается и реализуется совместно с магистерскими образовательными программами «Математика» Факультета математики НИУ «Высшая школа экономики» и «Общая и прикладная физика» Московского физико-технического института. Взаимно признаются результаты обучения, проводятся совместные защиты дипломных работ и диссертаций. Организуются и проводятся совместные семинары и конференции.