Молекулярные маркеры значительно повышают эффективность селекции растений. С помощью молекулярных маркеров можно в течение 8 часов предсказать проявление признака у растения. Это позволяет осуществить предварительный отбор и определить наиболее перспективные индивидуумы. Результаты лабораторных испытаний проверяются в полевых условиях с гораздо меньшим количеством кандидатов, что делает процесс селекции более эффективным. Работа с молекулярными маркерами требует знания современных молекулярно-генетических методов, умения правильно подобрать метод, адекватный поставленной цели. Создание систем генотипирования для использования молекулярных маркеров в практической селекции представляет собой комплексную задачу, требующую проведения как вычислительного, так и лабораторного анализа.