Группа Марата Казанова

Основные научные интересы нашего коллектива охватывают несколько областей молекулярной биологии и медицины, где вычислительные методы играют ключевую роль. К ним относятся мутагенез в клетках злокачественных опухолей, биология протеолитических ферментов и геномика комменсальных и патогенных бактерий. Наши последние исследовательские проекты в области биоинформатики рака включают в себя изучение механизмов мутагенеза рака с помощью анализа мутационных подписей. Эти проекты сосредоточены вокруг семейства ферментов APOBEC, важного компонента врожденной иммунной системы человека, который также сильно влияет на степень мутационной нагрузки в раковых геномах.

Марат

Казанов

Старший научный сотрудник

области исследований

Мутационные процессы в клетках злокачественных опухолей:

• Изучение неравномерсти распределения соматических мутаций вдоль ракового генома

• Изучение «горячих точек» ракового мутагенеза

Геномика патогенных и комменсальных бактерий:

• Геномный анализ детерминант устойчивости к антибиотикам

• Предсказание метаболических фенотипов бактерий микробиома человека

Вирусология:

• Активация протеазами человека процесса проникновения вируса в клетку

• Редактирование вирусной РНК ферментами иммунной системы человека

Протеолитические ферменты:

• Разработка биоинформатических методов предсказания субстратов протеаз и сайтов расщепления

сотрудники

Марат

Казанов

Старший научный сотрудник

Публикации

Andreeva, N. & Shamanskaya, T. & Gegelia, N. & Abasov, Ruslan & Usman, N. & Kachanov, Denis & Druy, A.. (2022). Comparative genetic profiling of neuroblastoma at the onset vs recurrence or progression of the tumor and determination of the prognostic role of genetic alterations. Pediatric Hematology/Oncology and Immunopathology. 21. 18-30. 10.24287/1726-1708-2022-21-4-18-30.

Semchenkova A, Mikhailova E, Komkov A, Gaskova M, Abasov R, Matveev E, Kazanov M, Mamedov I, Shmitko A, Belova V, Miroshnichenkova A, Illarionova O, Olshanskaya Y, Tsaur G, Verzhbitskaya T, Ponomareva N, Bronin G, Kondratchik K, Fechina L, Diakonova Y, Vavilova L, Myakova N, Novichkova G, Maschan A, Maschan M, Zerkalenkova E, Popov A. Lineage Conversion in Pediatric B-Cell Precursor Acute Leukemia under Blinatumomab Therapy. Int J Mol Sci. 2022 Apr 5;23(7):4019. doi: 10.3390/ijms23074019. PMID: 35409391; PMCID: PMC8999738.

Ponomarev GV, Fatykhov B, Nazarov VA, Abasov R, Shvarov E, Landik NV, Denisova AA, Chervova AA, Gelfand MS, Kazanov MD. APOBEC mutagenesis is low in most types of non-B DNA structures. iScience. 2022 Jun 6;25(7):104535. doi: 10.1016/j.isci.2022.104535. PMID: 35754742; PMCID: PMC9213766.